Od roku 1991 přednáší Jan Sokol filozofii, antropologii a religionistiku na pedagogické a filozofické fakultě Karlovy univerzity (UK) a od roku 2000 na Fakultě humanitních studií UK. V únoru v roce 1997 byl jmenován docentem filozofie, v letech 2000 - 2007 byl děkanem Fakulty humanitních studií UK. V listopadu 2000 byl jmenován profesorem oboru Filosofie výchovy. Spolupracoval na ekumenickém překladu Bible, přeložil řadu zejména filozofických knih a publikoval v mnoha časopisech.

„V sedmdesátých letech vedl různé bytové semináře, v roce 1976 podepsal Chartu 77 a publikoval v samizdatu. Zabývá se hlavně filozofickou antropologií, dějinami náboženství a antropologií institucí. Absolvoval četné přednášky v cizině, zejména na evropská a filozofická témata. V zimním semestru 2008 až 2009 přednášel na téma Etika a lidská práva na CSWR, Harward University, Cambridge,” informoval za Českou křesťanskou akademii Stanislav Smítka.